W Starostwie Powiatowym w Toruniu funkcjonuje 9 wydziałów oraz:
W strukturze Wydziału Organizacyjnego i Spraw Obywatelskich znajduje się Biuro Rady, natomiast w strukturze Wydziału Geodezji i Gospodarki Nieruchomościami wyodrębnione zostały dwa referaty: Referat Geodezji, Ewidencji Gruntów i Budynków oraz Referat Gospodarki Nieruchomościami oraz Powiatowy Ośrodek Dokumentacji Geodezyjnej i Kartograficznej.